KRAKÓW, I WOJNA ŚWIATOWA
W 1909 roku Nowowiejski przeniósł się z Berlina do Krakowa, gdzie do 1914 roku pełnił funkcję dyrektora Towarzystwa Muzycznego. Był organizatorem życia koncertowego w mieście, odpowiadał za kształtowanie profilu repertuarowego. Działał jako dyrygent, pedagog i organista, prowadził stałe koncerty symfoniczne – obok repertuaru tradycyjnego popularyzował utwory współczesne, przede wszystkim polskie.
W tym samym czasie koncertował również za granicą jako dyrygent i organista.
W 1910 roku Nowowiejski współorganizował obchody 500-lecia zwycięstwa pod Grunwaldem. Podczas uroczystego odsłonięcia pomnika Władysława Jagiełły, ufundowanego przez Ignacego Jana Paderewskiego, maestro poprowadził 600-osobowy chór, który odśpiewał specjalnie na tę uroczystość skomponowaną Rotę do słów wiersza Marii Konopnickiej. Pieśń ta szybko stała się nieoficjalnym hymnem Polski.
W Krakowie artysta poznał swoją przyszłą żonę – młodą pianistkę Elżbietę Mironiuk. W 1911 roku Feliks i Elżbieta wzięli ślub. Przez wszystkie lata żona dzielnie wspierała męża w jego pracy artystycznej, organizowała dom w taki sposób, by kompozytor bez przeszkód mógł poświęcić się pracy twórczej. Razem wychowali czterech synów.
Wybuch I wojny światowej w 1914 roku wstrzymał plany artystyczne kompozytora. Nowowiejski został wcielony do wojska pruskiego i skierowany do stacjonującej w Berlinie orkiestry wojskowej.
Po zakończeniu wojny artysta włączył się w nurt życia Polonii, nie pozostawał też obojętnym na wydarzenia w Polsce. Chęć wyrażenia solidarności z rodakami walczącymi w Powstaniu Wielkopolskim zainspirowała Feliksa Nowowiejskiego do skomponowania Marsylianki Wielkopolskiej. Z tego okresu pochodzą też inne pieśni patriotyczne, m.in. Marsz wojenny Generała Dowbór-Muśnickiego.
Nowowiejski nawiązał kontakt z Warmińskim Komitetem Plebiscytowym i rozwinął działalność propagandową na rzecz przyłączenia południowych ziem Powiśla, Warmii i Mazur do Polski. Zorganizował szereg koncertów w Polsce centralnej oraz na terenach objętych plebiscytem, występując na nich jako dyrygent i pianista.